CleanMyMac と Time Machine

昨日購入した CleanMyMac を起動し、表示された CleanMyMac ウインドウからスキャンを試みた。

CleanMyMac ウインドウのスキャン画面からキャッシュ、ログ、言語ファイル、ユニバーサルバイナリ、システムジャンク、ゴミ箱&不要な痕跡の6項目にチェックを入れスキャンボタンを押した。
クリーンアップを試みた。

CleanMyMac ウインドウのスキャン画面からキャッシュ、システムジャンクにチェックを入れコンポーネントのチェックなしでクリーンアップボタンを押した。クリーンアップした合計領域：9.55 GB と表示された。

キャッシュのクリーンアップ後 Time Machine の中のホルダーを開いてみると、日付別ホルダーの中の至近日時のホルダーがかなり無くなり、存在している古い日付別ホルダーの内容が「なし」と表示されていて、バックアップ内容は全て無くなっていた。

そこで、Time Machine に使っているハードディスクを初期化し新たにバックアップをとることにした。
先ず、Applications - Utilities - ディスクユーティリティを使ってディスクを初期化してパーティションを作成し、次に、システム環境設定から Time Machine を開き今新たに初期化したディスクを選択、オプションを確認し保存して Time Machine を入にした。


24:00 現在 2012-07-29-225125 , 2012-07-29-233614 , Latest の３フォルダーが出来ている。内容は Macintosh HD1 の Library とユーザフォルダーである。

このようなことがあったので、CleanMyMac のサポートに次のような質問のメールを送った。

質問 
私の Mac (Mac Pro) には4つのHDベイがあり、起動HD以外に3つのHDを使い、その一つを Time Machine としている。 

キャッシュのクリーンアップ後 Time Machine の中のホルダーを開いてみると、日付別ホルダーの中の至近日時のホルダーがかなり無くなり、存在している古い日付別ホルダーの内容が「なし」と表示されていて、バックアップ内容は全て無くなっていた。 

このようなことを防ぐためにはどのような処置をとればよいか教えて下さい。